S rozvojem veřejné správy se začalo více dbát na bezpečnost Pražanů. Vzhledem k historickým zkušenostem s velkou vodou se na přetřes dostaly i životní podmínky a ochrana obyvatel Štvanice před velkou vodou. V roce 1886 provedli zástupci karlínské obce komisionální řízení, které se týkalo právě těchto záležitostí. Komise zjistila, že ostrov je jen čtyři metry nad běžnou hladinou Vltavy a velká voda podobná té v roce 1845 by jej zalila na více než dva metry. Bylo proto nařízeno, že při hrozbě příští povodně měla být promptně vyklizena přízemí všech budov a zdejší mobiliář (kuželník a střelnice) pevně přivázán ke stromům. Zároveň žádné štvanické ohrady nebo ploty nesměly být „plné“, ale pouze otevřené, aby skrz ně mohla protékat voda. Na ostrově měl být také k dispozici dostatečný počet lodí a pramic pro případ nutné evakuace. U Negrelliho viaduktu měl být postaven žebřík, aby v případě ohrožení mohl být most využit k opuštění ostrova. Že všechna tato opatření zůstala pouze na papíře, se ukázalo na počátku září 1890, kdy Prahu postihla další z četných povodní. O tom, že zdejší obyvatelé brali celou situaci na lehkou váhu, svědčí i zpráva z týdeníku Zlatá Praha: „Když dne 3. září úřední zřízenci ráno i opět odpoledne obyvatele k vyklizení ostrova vyzývali, potkávali se jen s posměchem mužů i žen. Dne 4. září stoupala voda tak rychle, že obyvatelé přízemních domků už nemohli se dostati do prvních pater domů, pro takový případ jim v roce 1886 vykázaných. Již dopoledne téhož dne o 9. hodině ozývaly se z ostrova z půd přízemkových domků křiky o pomoc a výstřely, načež byl z viaduktu státní dráhy spuštěn záchranný žebřík a hasičský sbor Karlínský zachránil z ohrožených domků pomocí lodí 93 osob dospělých a dítek.“
Katastrofa samozřejmě ostrov velice poškodila, úřední inspekce zjistila, že zde trvale bydlelo 32 rodin, celkem 198 osob. V říjnu téhož roku schválila městská rada v Karlíně zákaz užívání přízemních budov k bydlení, nejen domků, ale i řemeslnických dílen. Také restaurace měly nařízeno mít v přízemních prostorách jen nejnutnější vybavení. Dohled nad dodržováním těchto opatření byl uložen majiteli ostrova.
Dřevěný, nebo železný?
Zvýšený zájem obou sousedních obcí, tedy tehdy ještě samostatného Karlína i královského hlavního města Prahy, o ostrov začal být patrný na počátku devadesátých let 19. století. V souvislosti s budováním Ústředních jatek (dokončeny v roce 1895) vyvstala otázka mostu přes Vltavu, který měl zajišťovat dopravu dobytka a především zpracovaného masa z obří jateční porážky. Už v červenci 1892 projednávala pražská městská rada záměr vybudovat nový most. V plánu bylo postavit 568 metrů dlouhé železné přemostění na dvanácti zděných pilířích. Tehdy zamýšlené umístění mostu prakticky kopírovalo dnešní Hlávkův most a počítalo i se „sjezdem“ na Štvanici. V první řadě bylo třeba vyřešit financování stavby. Stavební náklady bez nutných přípravných prací byly vyčísleny na astronomických jeden a půl milionu zlatých. Otázka zněla, zda Praha postaví most ve své režii a následujících devadesát let bude vybírat mostné, či zda k investici „přizve“ i další subjekty – zejména Karlín nebo majitele Štvanice.
V souvislosti s novým mostem, ale i budoucím rozvojem města se začalo otevřeně mluvit o získání Štvanice opět do majetku Prahy. I tisk se vyjadřoval pro vykoupení ostrova ze soukromých rukou. V září 1895 k tomu Národní listy poznamenaly: „Za Štvanicí na druhém břehu vltavském rozkládá se především jako z vody rostoucí sedmý okres s důležitými obecními podniky, jakými jsou plynárna a jatky, a spojiti tuto část města s ostatní Prahou jest dnes již nezbytností, vždyť je to pravá ostuda, že komunikace děje se primitivním převozem, pokud jde o pěší, kdežto povozy nuceny jsou činiti obrovskou zajížďku přes most Františka Josefa I. (na místě dnešního Štefánikova mostu – pozn. aut.).“
Sbor obecních starších neboli městské zastupitelstvo měl 12. září 1895 projednat nabídku na odkoupení ostrova za částku přesahující 1 milion zlatých. Bod byl nakonec stažen z programu a pražská obec koupila ostrov od rodiny Židlických až o tři roky později. Celková částka byla dohodnuta na 800 tisíc zlatých. I když se tedy magistrátu podařilo dosáhnout určité slevy oproti původnímu návrhu, napjatý rozpočet hlavního města neumožnil vyplatit kupní cenu naráz, a částka tak byla umořena pomocí každoročních splátek.
V téže době se opět do popředí dostala otázka vystavění mostu přes ostrov. Ve vedení Prahy se střetly dva návrhy. Stáli proti sobě zastánci relativně levného, provizorního dřevěného mostu a příznivci standardního železného mostu jako definitivního řešení. Nakonec byla vybrána méně nákladná cesta prozatímního mostu, nespornou výhodou tohoto řešení byla i rychlost. Se stavbou se začalo na jaře 1900, most měl tři samostatné části propojené náspy. Celková délka dřevěných konstrukcí činila 421 metrů, šířka potom 8 metrů (jízdní dráha 5,5 metru a po obou stranách chodníky o šířce 1,25 metru). Niveleta mostu byla položena nad úrovní velké vody z roku 1890, most byl konstruován na zatížení odpovídající i tramvajovému provozu, s nímž se zde počítalo. Stavbu navrhl městský inženýr Rudolf Kaplan, většinu tesařských prací provedla holešovická firma Antonína Kubeše. Nový most byl slavnostně předán do užívání Pražanům v sobotu 15. prosince 1900. Celkové náklady činily půl milionu tehdejších korun, na mostném se v prvních letech vybralo až 130 000 korun ročně. Životnost mostu se odhadovala až na padesát let.
Politika i sport
Na počátku 20. století popularita Štvanice jako místa pro trávení volných chvil narůstala. Ostrov lákal k pořádání akcí i nejrůznější organizace, spolky nebo politické strany. Například poslední březnový den roku 1901 pořádali v jedné z ostrovních restaurací schůzi sociální demokraté, kteří zde diskutovali o otázkách spojených s jejich požadavkem na zavedení všeobecného volebního práva. Po skončení schůze se její účastníci vydali v průvodu pražskými ulicemi. V duchu tehdejších zákonů bylo pak několik účastníků průvodu odsouzeno k několikadenním trestům vězení za „přečin shluknutí“.
V prvních letech 20. století se (nejen) na ostrově objevil nový fenomén – sport. V roce 1901 si zde od pražské obce pronajal pozemky I. český lawn-tennis club, aby sem přenesl své kurty, které měl do té doby na cyklistickém závodišti v Bubnech (zhruba v místech dnešního kostela sv. Antonína). Na přelomu let 1901 a 1902 zde vznikl oplocený areál se čtyřmi kurty a klubový domek s oddělenými pánskými a dámskými šatnami.
Na počátku nového století se v souvislosti se Štvanicí mluvilo ještě o jednom významném projektu či spíše instituci, která zde měla nalézt svůj domov. Už v únoru roku 1899 vzniklo Družstvo zoologické velezahrady v Praze, které si kladlo za cíl po vzoru evropských metropolí zřízení zoologické zahrady v Praze. Kromě potřebných financí se nejprve řešilo místo, kde by zoopark mohl být umístěn. V první fázi se uvažovalo o třech lokalitách – zahradě Kinských, centrální části Stromovky a Klamovce nebo od města tehdy vzdálenější oboře Hvězda. Žádné z těchto míst ale nepatřilo městu, takže by bylo poměrně komplikované a hlavně drahé je pro účely zahrady získat. Pražský primátor dr. Groš po nástupu do funkce v roce 1906 podporoval myšlenku umístit zoo na ostrov Štvanice. Už v červnu téhož roku inicioval schůzku odborníků na toto téma. Jak už to ale (nejen) v Čechách bývá, rozproudila se kolem budoucího místa zahrady prudká polemika. Do čela odpůrců se postavil cestovatel Vilém Němec, který se obával například vlivu vlhkosti na budoucí obyvatele zahrady nebo poukazoval na nepříliš vhodný, nadmíru fádní terénní profil ostrova. Jeho argumenty se snažila vyvrátit redakce časopisu Zoologická zahrada, podle níž bylo třeba využít podpory hlavního města a jím věnovaného pozemku. Nakonec se myšlenka na zřízení zahrady dočkala realizace až o dvě dekády později a zcela jinde – na rozsáhlých pozemcích v Troji, které k tomu účelu daroval tamější velkostatkář Alois Svoboda.
